杭州塘段

北端在江浙省界，南端在塘栖。杭州塘段始凿于汉代，全线贯通于隋代，现为运河主河道。

江南运河杭州段

即余杭塘栖—杭州坝子桥段。

江南运河，曾称江南河、浙西运河，为京杭运河的南段。北起江苏镇江，绕太湖东岸达江苏苏州，南至浙江杭州。

早在春秋战国时代，因长江—钱塘江之间地势低平，河湖密集，已出现沟通河湖的运河。后经历代开凿、疏浚，江南运河初具规模。隋炀帝大业六年（610）重新疏凿和拓宽长江以南运河古道，形成今江南运河。

上塘河段

南端为艮山门坝子桥，往北经丁桥、临平，至施家堰进入海宁，经海宁盐官镇进入钱塘江。

上塘河是杭州历史上第一条人工河，最早为秦始皇时代开凿，俗称秦河。隋大业元年至六年(605～610)，隋炀帝开凿大运河时，又对它进行了拓宽和疏浚。在元末张士诚开凿新运河（塘栖至江涨桥段）前，上塘河一直是大运河进入杭州城的唯一通道。张士诚开凿后，江南运河改道，上塘河为江南运河支流。

中河—龙山河段

江南运河从杭州延伸到钱塘江的一段运河。

中河地处杭城中部，南接钱塘江，北连大运河，开凿于唐代，宋时凤山水门以南称龙山河，以北称盐桥河，清时合并称中河。北宋时，为使钱塘江漕船能进入杭州接通南运河，浚治了龙山河，并于入钱塘江处置闸，以防江潮并调节运河水量。在民国以前，中河不仅是杭城一条繁忙、兴旺的交通河道，更是一条融合南北地域交流的文化河道。

浙东运河主线

位于中国大运河最南端。西起杭州市滨江区西兴街道，跨曹娥江，经过绍兴市，东至宁波市甬江入海口，与海上丝绸之路相连。浙东运河的兴建始于春秋越国的山阴水道，晋代再次疏通深挖，至北宋时形成西起钱塘江，东到东海的完整运河。浙东运河在历史上的作用可以大致分为航运、灌溉、漕运、水驿四个部分，沿线保留了大量相关文化遗迹，如西兴古镇、绍兴古纤道等。