2000年，杭州市九届人大五次会议作出了《关于加快运河综合整治的决议》，决定对运河(杭州段)进行综合整治。2002年，杭州市第九次党代会把运河(杭州段)综合整治与保护开发列为城市建设“十大工程”之一。为加快京杭运河（杭州段）的综合整治与保护开发，2003年4月成立杭州市京杭运河（杭州段）综合整治和保护开发指挥部、杭州市运河综合保护开发建设集团有限责任公司，实行“两块牌子、一套班子”。2007年，杭州市京杭运河（杭州段）综合整治和保护开发指挥部更名为杭州市京杭运河（杭州段）综合保护委员会。2014年，根据市委市政府统一部署，运河综保委（运河集团）启动了机构和体制调整，以“事企分离，管办分开”为原则，调整后，市运河集团为市政府直属国有企业，纳入国资委监管体系。

杭州市运河综合保护开发建设集团有限责任公司为承担政府重大专项任务的建设类公司，以实现社会效益为主要目标，同时，以市场为导向，逐步开展资本运作和资产经营活动，增强企业造血、盈利能力，兼顾经济效益，实现国有资产保值增值。

公司具体负责京杭运河杭州主城区段沿岸的土地开发利用、公共配套设施建设、项目建设和运营管理，承担京杭运河杭州主城区段综合整治与保护开发中相应的资金保障，建设重点是城中村改造、污染企业搬迁和运河水环境治理。同时，开展资本运作和资产经营活动，重点发展以旅游休闲、文化创意产业为主的现代服务业，逐步实现从单一建设类主体向复合建设经营类主体转变。

公司将以中央和省、市国有企业改革精神为指导，以企业可持续发展为目标，以京杭运河综保规划范围为主战场，实施“专项任务”与“投资经营”两轮驱动战略，坚持土地开发、旅游发展、产业投资等三项主营业务，努力在京杭运河综保和企业经营上再创业绩与效益，力争把集团打造成以旅游休闲、文化创意等现代服务业为主，集建设、投资、置业、经营、管理为一体的具有一定品牌和实力的综合性实业公司。